दूसरा अध्याय आपत्तियों के विरुद्ध सिद्धान्त की रक्षा करता है। यदि ब्रह्म कारण है, तो कपिल की स्मृति का स्थान न रहेगा; बादरायण उत्तर देते हैं कि ब्रह्म को नकारने से अनेक अन्य स्मृतियों का स्थान न रहेगा। ब्रह्म और जगत का स्वभाव भिन्न है, चेतन और जड़, फिर भी इससे कारणता खण्डित नहीं होती, और केवल तर्क श्रुति को नहीं हटा सकता। कार्य और कारण भिन्न नहीं, जैसे घड़े मिट्टी ही हैं; यही आरम्भण अधिकरण है। ब्रह्म बिना उपकरण और सहायक के सृष्टि करता है, जैसे दूध दही बनता है और देवता संकल्प से रचते हैं। पक्षपात और निर्दयता के आरोप नहीं टिकते, क्योंकि प्राणी अपने कर्म के अनुसार पाते हैं, और संसार अनादि है। कारण के लिए आवश्यक सब धर्म ब्रह्म में मिलते हैं।
यदि कहो कि ब्रह्म को कारण मानने से कपिल की स्मृति (सांख्य) के लिए स्थान नहीं रहता, तो ऐसा नहीं; ब्रह्म को कारण न मानने से मनु आदि की उन स्मृतियों के लिए स्थान न रहेगा जो यही सिखाती हैं। यहाँ से स्मृति की आपत्तियों का उत्तर आरम्भ होता है।
और इसलिए भी कि उस स्मृति के अन्य तत्त्व, जैसे स्वतन्त्र कारण के रूप में प्रधान, न वेद में मिलते हैं न अनुभव में। अतः जहाँ सांख्य स्मृति श्रुति से हटती है, वहाँ वह प्रमाण नहीं।
इसी से योग स्मृति का भी उत्तर हो गया। उसकी साधना मान्य है, पर जहाँ वह प्रधान को जगत का स्वतन्त्र कारण मानती है, वहाँ उसे सांख्य की भाँति अस्वीकार किया जाता है।
विरोधी कहता है: ब्रह्म इस जगत का कारण नहीं हो सकता, क्योंकि जगत उससे भिन्न स्वभाव का है, जड़ और अशुद्ध; और श्रुति भी उसे ऐसा ही बताती है। यह स्वभाव-भेद की आपत्ति है।
जहाँ श्रुति कहती है कि मिट्टी बोली या जल ने विचार किया, वहाँ उन तत्त्वों के अभिमानी देवताओं का कथन है, यह विशेष उल्लेख और उनके प्रवेश से स्पष्ट है। अतः विरोधी के अनुसार जगत जड़ ही है।
परन्तु लोक में देखा जाता है कि भिन्न स्वभाव की वस्तुएँ एक-दूसरे से उत्पन्न होती हैं, जैसे जीवित मनुष्य से केश और नख, और गोबर से कीड़े। अतः स्वभाव-भेद ब्रह्म के कारण होने में बाधक नहीं।
यदि कहो कि तब तो उत्पत्ति से पहले कार्य असत् था, तो ऐसा नहीं; यह केवल इस बात का निषेध है कि वह कारण से अलग था। कार्य सदा अपने कारण से एक होकर विद्यमान है।
ऐसा नहीं, क्योंकि दृष्टान्त हैं: मिट्टी के घड़े टूटकर मिट्टी में मिलते हैं तो अपना आकार मिट्टी को नहीं देते। कार्य के लीन होने से कारण दूषित नहीं होता।
तर्क की कोई स्थिर नींव नहीं, क्योंकि एक तर्कशील दूसरे का खण्डन करता है। यदि कहो कि दूसरे ढंग से अनुमान करें, तो भी उससे मोक्ष सिद्ध न होगा। अतः इन्द्रियातीत विषयों में श्रुति ही अन्तिम प्रमाण है।
यदि कहो कि भोक्ता भोग्य से एक हो जाने पर दोनों का भेद मिट जाएगा, तो उत्तर है कि भेद रह सकता है, जैसे लोक में: लहरें और फेन समुद्र ही होते हुए भी अलग दिखते हैं।
कार्य कारण से अनन्य है, जैसा छान्दोग्य के मिट्टी वाले दृष्टान्त में 'आरम्भण' (वाणी से उठा नाम मात्र) शब्द से और अन्य वाक्यों से सिद्ध है। आचार्य इस अनन्यता को अपने-अपने ढंग से समझाते हैं।
और पत्थर आदि की भाँति, जो सब पृथ्वी से होते हुए भी कुछ बहुमूल्य और कुछ साधारण हैं, यह आपत्ति टिकती नहीं। कार्यों की विविधता एक कारण की विविधता सिद्ध नहीं करती।
परन्तु ऐसा नहीं, श्रुति के बल पर, जो कहती है कि ब्रह्म जगत भी बनता है और उससे परे भी रहता है; ब्रह्म केवल शब्द-प्रमाण से जाना जाता है, अतः यह मानना ही होगा।