नौवीं सदी के अधिकांश भाग में कान्यकुब्ज प्रतिहारों के पास रहा, यद्यपि राष्ट्रकूट सेनाएँ दो बार उत्तर तक आईं और लगभग 916 में इन्द्र तृतीय ने नगर को लूटा।
01पहला दौर
780 के दशक में प्रतिहार वत्सराज ने दोआब में बंगाल के धर्मपाल को हराया। फिर राष्ट्रकूट ध्रुव नर्मदा पार उत्तर आए, दोनों को हराया और लौट गए। धर्मपाल ने इस अवसर का लाभ उठाकर अपने आश्रित चक्रायुध को कान्यकुब्ज की गद्दी पर बैठाया; उनका खालिमपुर ताम्रपत्र एक बड़ी सभा का वर्णन करता है जिसमें भोज, मत्स्य, मद्र, कुरु, यदु, यवन, अवन्ति, गान्धार और कीर के राजाओं ने सिर झुकाकर इसका समर्थन किया। फिर वत्सराज के पुत्र नागभट द्वितीय ने चक्रायुध को निकाला और मुद्गगिरि, यानी मुंगेर, में धर्मपाल को हराया।
02दक्कन का दूसरा प्रहार
लगभग 800 में राष्ट्रकूट गोविन्द तृतीय उत्तर आए, नागभट द्वितीय को हराया, धर्मपाल और चक्रायुध से अधीनता स्वीकार करवाई, और उनके अभिलेखों के अनुसार हिमालय की धाराओं में अपने घोड़ों को पानी पिलाया। वे भी लौट गए। नागभट ने कान्यकुब्ज को प्रतिहार राजधानी बनाया, और लगभग 836 से मिहिर भोज के समय यह उत्तर के सबसे बड़े साम्राज्य की राजधानी रही; अरब यात्री सुलेमान ने 851 में लिखा कि भारत में जुज़्र के राजा से बड़ा अरबों का शत्रु कोई नहीं। इस संघर्ष ने तीनों को थका दिया। लगभग 916 में इन्द्र तृतीय द्वारा कान्यकुब्ज की लूट से प्रतिहारों का पतन आरम्भ हुआ।
इस संघर्ष ने दो सदियों तक उत्तर भारत का नक्शा तय किया और ग़ज़नवी आँधी से पहले तीनों साम्राज्यों को कमज़ोर कर दिया।
